Er unterscheidet sich von einem See weniger in der Wasserfläche als in der Wassertiefe. Die Wassertiefe im Weiher ist überall so gering, dass sich auf dem gesamten Gewässergrund Unterwasser- und Schwimmblattpflanzen ansiedeln können. Eine echte Tiefenzone wie im See, wo wegen Lichtmangel keine höheren Wasserpflanzen wachsen können, fehlt im Weiher. Die Grenze ist bei etwa 2m Wassertiefe erreicht.
Ein Weiher kann einen natürlichen Ein- und Ablauf haben oder von einer Quelle gespeist werden. In einem Weiher können kleinere Fischarten wie Stichlinge, Bitterlinge, Moderlieschen und Elritzen das ganze Jahr überleben – vorausgesetzt der Weiher ist mindestens 1m tief, sodass er auch in strengen Wintern nicht vollständig bis zum Boden zufriert.
Im Weiher kann sich eine ähnliche Zonierung wie im See ausbilden mit einer Verlandungszone, Röhrichtzone, Schwimmblattzone und Schwimm- und Unterwasserpflanzen. Viele Wirbellose und Kleintiere finden in einem Weiher optimale Lebensbedingungen; ein Weiher ist daher meist artenreicher an Fauna und Flora als ein Tümpel oder ein See.
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